Az áfafizetés kérdése bonyolultabb más adókötelezettségeknél.

Ugyanis abban az esetben, ha valamilyen sportolással, testedzéssel, szociális ellátással, iparművészettel, bölcsődei ellátással, felnőttképzéssel stb. foglalkozik a szervezet, az áfának nem alanya a törvény szerint (tárgyi áfamentesség). Tehát ebben az esetben bruttó áron (áfával növelten) vásárol és nettó áron (áfa nélkül) értékesít vagy nyújt szolgáltatást.

Minden más tekintetben az áfának alanya lesz (hacsak más jogcímen nem mentesül az adó alól), és az áfát megfizeti a hatályos szabályok szerint. (Lásd a Mikor érdemes áfakörössé válnunk? kérdésre adott választ.)

Ha társaságiadó-köteles tevékenységet folytat a szervezet, akkor igen. Konkrétabban, ha az egyesületnek vagy az alapítványnak eredménye van a könyvelésében valamelyik évben, úgy társasági adókötelezettsége keletkezik. Az egyesület és az alapítvány egyaránt alanya a társasági adónak, de adóznia csak akkor kell, ha év végén eredményt könyvel el. Az adóalapot növelő és csökkentő tételek némileg eltérnek más adózók növelésre és csökkentésre vonatkozó tételeitől.

Fontos szabály ugyanakkor, hogy a nem közhasznú szervezetnek nem kell a vállalkozási tevékenysége után az adót megfizetnie, ha a vállalkozási tevékenységéből elért bevétele legfeljebb 10 millió forint, de nem haladja meg az adóévben elért összes bevételének 10 százalékát (adómentes értékhatár). Ez a határ a közhasznú szervezetek esetében az összes bevétel 15 százaléka.

A társasági adó és az általános forgalmi adó mellett – ha olyan tevékenységet végez – egyéb adófajtáknak is alanya lehet a szervezet: ilyen lehet tevékenységének szektorális jellegétől függően pl. a játékadó vagy az energiaadó stb..

Biztos alanya a szervezet a helyi adóknak, ám ebben az esetben is léteznek kedvezmények és eltérések.

Főszabály szerint valamennyi helyi adó alól mentes az egyesület és az alapítvány, de csak „abban az adóévben, amelyet megelőző adóévben folytatott vállalkozási tevékenységéből származó jövedelme (nyeresége) után sem bel-, sem külföldön adófizetési kötelezettsége nem keletkezett” – tehát akkor, ha nem kellett társasági adót fizetnie. Amennyiben fizetett társasági adót, nem mentesül a helyi adók alól sem.

Az építmény- és telekadóban a mentesség csak a létesítő okiratban meghatározott alaptevékenység kifejtésére szolgáló épület és telek után jár. (A közhasznú nonprofit szervezetek helyi adó fizetéséről lásd a Közhasznú nonprofit gazdasági társaság vagyunk, vonatkoznak ránk a törvény (és az egyéb szabályok) rendelkezései? kérdésre adott választ.)

Pl. Az az egyesület, amelyiknek nem keletkezett társaságiadó-fizetési kötelezettsége, mentes a gépjárműadó és az iparűzési adó alól egyaránt, de ha ennek az egyesületnek több telke vagy építménye van az önkormányzat területén, a nem alaptevékenység kifejtésére szolgáló épület vagy telek után fizet építmény- vagy telekadót.

Mindezek mellett a civil szervezeteket illetékmentesség illeti meg pl. a bírósági eljárásokban. 

Az áfakörössé válás nem csak a szervezet döntésétől függ.

Létezik alanyi és tárgyi áfamentesség ugyanis:

1. Alanyi áfamentesség akkor választható (akár már az adószám kérésekor), ha az áfaköteles értékesítés bevétele egy éven belül nem haladja meg (várhatóan) az 5 millió forintot.
2. Tárgyi áfamentesség bizonyos értékesítések és szolgáltatások esetében lehetséges, pl. mentes az áfa alól a postai szolgáltatás nyújtása, a sérült- vagy betegápolás, a sérült- vagy betegszállítás, valamint az ezekhez szorosan kapcsolódó termékértékesítés, az emberi szövet, vér, anyatej értékesítés, illetve az ezekhez szorosan kapcsolódó szolgáltatás, a gyermek- és ifjúságvédelem keretében végzett szolgáltatásnyújtás és termékértékesítés stb. Fontos, hogy a tárgyi áfamentességi körbe tartozó termékértékesítés és szolgáltatásnyújtás köre akár évente változhat.

Pl. Az egyesület gyermekvédelmi tankönyveket értékesít, de ebből származó bevétele meghaladja az évi 5 millió forintot. Ha csak ebből a tevékenységből van bevétele, akkor a tárgyi mentesség alapján nem kell áfát fizetnie, ha másból is (ami nem tárgyi adómentes), akkor a fennmaradó részre köteles áfával számlázni.

Az, hogy mikor érdemes áfakörössé válni, azért nem merül fel gyakran, mivel a szabályok világosan meghatározzák, hogy mely esetekben mentes az adó alól az egyes tárgykörök esetén az adóalany. Az alanyi mentesség választható a fenti feltételek megléte esetén (ha az áfaköteles értékesítésből származó bevétel 5 millió forint alatt marad). Vélhetően akkor érdemes áfakörössé válni a feltételeknek való megfelelés ellenére – a költségek levonása érdekében –, ha az olyan ráfordítások aránya is nagy, amelyek áfával terheltek.

Fontos tudnivaló továbbá, hogy ha alanyi áfamentes a szervezet, akkor 0%-os áfával terhelt számlát állíthat ki, ha pedig tárgyi áfamentes, akkor a tárgybeli szolgáltatásnyújtás vagy termékértékesítés esetén állíthat ki 0%-os áfával terhelt számlát. Az áfakörbe tartozást (a feltételeknek való megfelelés hiányában), illetve az áfakörből kikerülés választását (a feltételeknek való megfelelés esetén) a NAV-nak formanyomtatványon jelezni kell.

Abban az esetben, ha a szervezet munkavállalót foglalkoztat (vagy megbízottat, önkéntest, akinek jövedelmet fizet), személyi jövedelemadó fizetésére kötelezett.

Mentes az szja alól a közhasznú egyesület, alapítvány létesítő okiratában rögzített közhasznú céljával összhangban a közhasznú cél szerint címzett magánszemélynek, és munkavállalói-érdekképviseleti szervezet magánszemélynek nem pénzben adott juttatás értéke, valamint pénzjuttatás esetén legfeljebb a minimálbér 50%-át meg nem haladó összegben havonta adott támogatás.

Ezenkívül lényeges kedvezmény csak a reprezentáció vonatkozásában illeti meg a szervezeteket.