A NEA döntéshozó testületei a kollégiumok, amelyből a jelenleg hatályos szabályok szerint öt van. A kollégiumok létszámát a miniszter szabályozza. A miniszter felhívja a szervezeteket az elektori rendszerbe való bejelentkezésre. Ez azért fontos, mert csak a felhívásra jelentkező szervezetek állíthatnak elektorokat, akik a Tanács és a kollégium 3-3 tagjára szavazhatnak.

A civil jelöltállítási rendszerbe azok a legalább területi, illetve országos hatókörű civil szervezetek küldhetnek elektorokat, amelyek a miniszter felhívására jelezték részvételi szándékukat a jelöltállítási rendszerben, a felhívásban meghatározott módon. A jelentkezési határidő nem rövidebb 30 napnál. Minden civil szervezet egy elektort delegálhat, egy választási eljárásban minden személy csak egy civil szervezet képviseletében járhat el elektorként. Azt, hogy a civil szervezet melyik elektori gyűlésen kíván elektort állítani (azaz melyik területi elektori gyűlésen vesz részt), a jelentkezésében fel kell tüntetni.

Szintén a jelentkezésben kell megnevezni a szervezet jelöltjét a Tanácsba és a kollégiumba – a jelölt bárki lehet, nem szükséges elektornak lennie, viszont önéletrajzát a jelöléshez mellékelni kell.

A választás nem „hagyományos” személyes gyűlés keretében zajlik: az elektoroknak a Kormányablakokban kell leadniuk szavazatukat (elektronikusan), két fordulóban:

1. először a szavazólapra való felkerülésre (szimpátiaszavazás), ekkor tetszőleges számú jelöltre lehet szavazni;
2. másodszor a jelöltek közül a 3-3 civil delegált megválasztására.

Egy elektor természetesen csak egyszer adhatja le szavazatát. A Tanács és a kollégium tagja az a 3 jelölt lesz, aki a legtöbb szavazatot kapja, a sorrendben következő jelölt pedig póttaggá válik. 

A helyi döntéshozatalban való részvétel két dolgot jelenthet:

1. A helyi önkormányzat nem hatósági döntéseiben résztvevőként csak informálódni lehet, mivel minden hatalmat az ilyen jellegű döntésekben az önkormányzat szervei gyakorolnak, a képviselő-testület, annak bizottságai, a polgármester és az alpolgármesterek. A helyi informálódás joga mindenkit, így a civil szervezeteket is megilleti, a bizottsági és képviselő-testületi ülések kevés törvényben rögzített kivétellel nyilvánosak, azokon bárki részt vehet.
2. A hatósági ügyekben a közigazgatási hatósági eljárás és szolgáltatás általános szabályairól szóló 2004. évi CXL. törvény szabályai szerint az ügyféli jogállás azt is megilleti, akinek jogát vagy jogos érdekét az ügy érinti: amennyiben a civil szervezet létesítő okiratában célként szerepel valami olyan kérdés, amit hatósági ügyként kezelnek, abban az esetben bejelentkezhet ügyfélként az ügybe. Egyes ágazati törvények, pl. a környezetvédelemről szóló törvény a környezetvédelmi civil szervezetek számára ügyféli jogokat biztosít.